Игрок выступает в роли безымянного бойца космического спецназа. Он описывается как «один из наиболее крепких, закалённых в боях и натренированных землян» из своего отряда, отправленного на Марс. После нападения на офицера, отдавшего приказ открыть огонь по гражданским, это становится его последним заданием. Он находится под охраной, пока его напарники разбираются с непонятным инцидентом на Фобосе в Объединённой аэрокосмической корпорации (Union Aerospace Corporation, UAC). Внезапно главный герой теряет связь со своими напарниками и, вырвавшись из—под охраны, идет на поиски своего отряда. Позже он узнаёт, что проводившиеся корпорацией эксперименты по телепортации дали сбой, и через врата, которые стояли на Фобосе ещё до человека, полезли адские твари, которые убивали персонал или превращали в зомби. Всё, что остается сделать главному герою — это найти хоть кого—нибудь из своего отряда и выбраться из этого ада. У героя игры нет имени, создатели объясняют это тем, что так игроку будет проще проассоциировать себя с персонажем. Игроки часто называю героя en:Doomguy или en:Doom marine. В книжной серии написанной по игре используется имя en:Flynn Taggart, в фильме Doom имя героя en:John Grimm, кличка en:Reaper