Основные события второй части игры разворачиваются спустя 250 лет после окончания войны с клисанами — в 3300 году. Человечество поддерживает отношения с четырьмя другими развитыми цивилизациями нашей галактики: малоками, пеленгами, фэянами и гаальцами. Продолжает развиваться Коалиция Разумных Рас (сокращённо — КРР).

Внезапно, появляется новая угроза для Галактики — Доминаторы — форма кибержизни, наделённая собственным интеллектом. Существуют три вида Доминаторов (блазероиды, келлероиды и терроноиды), которые сражаются против сил Галактической Федерации. Помимо этого Доминаторы воюют друг с другом.

Игроку предстоит выступить в роли одного из космических рейнджеров, которые могут заниматься самой разной деятельностью, но в конечном счёте, преследуют цель спасения Галактики от вторжения доминаторов. Чёткого и заранее написанного сюжета в игре нет, но есть большое число квестов, генерируемых случайным образом и не привязанных к определённому месту или времени.

Концепция свободного выбора, отличительная особенность оригинала, не только сохранилась, но и получила в «Космических рейнджерах 2» свое логическое развитие. Игрок не ограничивается сюжетными рамками, ему предоставляется возможность повлиять на ход событий. При этом игровой мир (размеры которого существенно увеличились по сравнению с первой частью) живёт и развивается по своим законам, в нём постоянно происходят какие—то события: захватываются и освобождаются системы, пираты грабят суда, на планетах случаются государственные перевороты, а ученые делают новые открытия.

Режим обучения планетарному бою

Игроку предстоит узнать происхождение Доминаторов и найти способ избавить от них Галактику.